科菲和未婚妻爱丽丝正在准备迎接他们的宝宝。在孩子出生之前，他们要一起返回科菲在非洲的故乡，去获得科菲父母的祝福。但这趟旅程对于科菲来说并不轻松一一大部分时间都远离家人生活的他，被视为是会带来厄运和耻辱的社会异端。科菲并不是个例，跟他一样被贴上“巫师”或“女巫”标签的，还有必须为自己的自主权而战的叛逆的帕科、科菲的妹妹塔拉、甚至他的妈妈穆吉拉——她年轻时曾被此折磨到精神崩溃，现在却同样将其加诸之于自己儿子的身上。
在距离地球15光年的外太空，科技昌明的Baab星上生活着一群爱好和平的蓝色小人。其中斯科奇（布兰登·费舍 Brendan Fraser 配音）是该星球一个勇猛果敢、正义感十足的超级英雄，他经常驾驶超新星-9号飞船穿梭宇宙，在BASA总部他的兄弟盖里（罗伯·考德瑞 Rob Corddry 配音）的指挥下，一次次圆满完成营救受困外星人的任务。这一日，刚回家不久的斯科奇被BASA负责人莉娜（杰西卡·阿尔芭 Jessica Alba 配音）命令即刻前往黑暗星球——地球执行救援任务。担心兄弟的安危，盖里与执意前行的斯科奇发生争吵。在全Baab星人民的注视下，斯科奇成功抵达著名的51区，结果却被夏克尔将军（威廉·夏特纳 William Shatner 配音）为首的军方抓获。 为了救回最亲密的兄弟，一向谨小慎微的盖里不得不踏上凶险的征途，而这一切背后的阴谋也悄悄浮出水面……
