2010年，香港警队刑事情报高级督察卓凯（苗侨伟 饰）前往泰国曼谷，与当地潜伏的卧底追查跨国贩毒线。谁知过程中吉运帮头目Pak Key及其手下乐少锋（周柏豪 饰）突然介入，打乱计划。卓凯一行撤退时更遭遇一场精心策划的大爆炸，导致其他卧底命丧火海。返港之后，卓凯心灰意冷，有意辞职。就在此时，香港最大的社团长兴祸起萧墙，昔日同袍持刀相向，大战一触即发。另一方面，高级督察黎瑞权（张兆辉 饰）唯恐长兴内部的5个卧底身份曝光，情急之下删掉卧底档案。为了寻找失联的卧底，卓凯等人再度遁入血雨腥风之中……
李时珍（林文龙 饰）自由沉迷于草药研究之中，他同名为吴慕榕（李诗韵 饰）的女子先前已有婚约，却无法自持的爱上了善良美丽的阿冬（叶璇 饰）。李时珍决定将这份感情埋藏在心底，待科举考试之后向阿冬表白心意，哪知道在阴差阳错之中，他不仅没能够表白，还娶了吴慕榕为妻。李时珍发现当今世上的医书错误连连漏洞百出，于是起了编撰《本草纲目》的念头。然而，他却因为个性过于耿直而得罪了权贵，使得他不得不暂时中断了医书的编撰，还性命不保踏上了逃亡的旅途。所幸有太医院的庞宪（马国明 饰）一路帮助扶持，李时珍终于完成了旷世奇作《本草纲目》。
翠竹镇上有孟丽君（叶璇 饰），喜爱女扮男装出外求学淘气，才智过人天性聪慧的她是大夫孟士元的掌上明珠。机缘巧合下，男装打扮的她认识了同是乔装打扮的皇上铁穆耳（马德钟 饰）和憨直少年皇甫少华（林峰 饰）。孟丽君常听见暗夜笛声，早对吹笛人芳心暗许。家中早已安排好丽君与少华的婚事，怎奈由于彼此隐瞒的关系，丽君并不知道少华就是自己结拜的二哥，同时又误以为吹笛人就是铁穆耳，以致情根错钟。拒绝盲婚哑嫁的她带着丫鬟离家出走。 丽君四处闯荡之际被山上的劫匪劫走，随后发现皇甫少华也被劫来，此时方知道这就是自己的未婚夫，大为惊讶！然而在相处中，渐渐得悉皇甫少华的好处。 少华告知丽君，自她走后，恶霸一方的刘家抢亲逼婚，丫环映雪代丽君出嫁，在新婚之夜跳河自尽，而孟老爷也被诬蔑成朝廷钦犯，押解上京。 丽君开始了，漫漫的上京路。救父亲，找仇人。前路上等待的，除了劫难，还有幸福。
金燕（汪明荃 饰）、阿凤和阿娇是上海有名的“三朵金花”。金燕与生意商人龙哥相恋，金燕更有了龙哥的孩子，岂料这时龙哥被人污蔑为汉奸，判了死罪。金燕回到乡产下儿子，然后独自回城继续她的演艺生涯。岂料日军飞...
仁和医院高级精神科医生高立仁（方中信 饰）在婚礼前痛失为重案组探员的未婚妻莫敏儿（徐子珊 饰），随即陷入悲伤中不可自拔，甚至为此辞去工作。却不料就在此时，医院接收了一名声称被幻听所困更涉嫌强奸案的精神...
番禺一带数十年前马贼猖狂，马贼十虎虽被剿灭，但其抢掠的金银财宝却没有追回，当地埋藏有宝藏的说法一直流传了下来。这天，香港某拍卖行公告即将拍卖当年圆明园大水法中的十二兽铜头之一的狗铜头，成了全城热点；与...
金蛇郎君夏雪宜（江华 饰）全家被温家堡恶人所杀，前往温家寻仇的过程中与温家小姐温仪（吴美珩 饰）相爱结合生下女儿青青，却无奈温家几老利用温仪使夏雪宜重伤，温仪亦被推入井中活埋。成年后的青青（欧子欣 饰）蛮横凶恶，巧遇了袁崇焕之子袁承志（林家栋 饰），日久生情，但是袁承志却钟情于救下的弱女子阿九（佘诗曼 饰）。袁承志此时已经是金蛇郎君的徒弟，誓报父仇，金蛇郎君与五毒教妖女何红药（关宝慧 饰）之间恩怨纠缠，牵扯到了若干人等，而阿九的真正身份居然是明朝公主，李自成起义、清兵入关，国仇家恨爱恨情仇，袁承志该如何抉择？
