影片讲述了四位好姐妹一起去新奥尔良参加音乐节，姐妹们的热情被重新点燃后一起歌舞和疯狂的故事。

超级大胖子金斯教授（艾迪•墨菲 Eddie Murphy 饰演）虽然学术高明，心地善良，但因为体型问题一直成为大家的笑柄。直到有一天，金斯教授发现自己研制的新药成功了，这种药水能改变小白鼠的DNA，使其体重减轻，似乎金斯教授就要迎来自己的新生活了。金斯教授一直钟情于化学教员的卡洛小姐（贾达•萍克•史密斯 Jada Pinkett Smith 饰），一次约她到俱乐部吃饭时，金斯教授又因为体型问题被主持人瑞基嘲笑而令他在女伴面前抬不起头。回去以后，金斯教授决定喝下自己研制的新药。喝下药水后，奇迹发生了，金斯教授变成了放荡无耻、阴险狡猾的瘦子毕地。幸好药水时效有限，一定时间后毕地又变回了金斯教授。为了在卡洛面前抬得起头，金斯教授一次又一次的喝下了药水……

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。