小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！

正在修学旅行中的高中生大助（神木隆之介 饰），其班级所乘坐的客车不幸遭遇了车祸，全班仅有两人幸免于难。当大助再度睁开眼，眼前所展开的，是生前只在书中见过的，血与火、疼痛与苦难交织的地狱图景，令大助感到...

初中三年级女孩小凑伊纯（濑户麻沙美 配音）即将在毕业后搬到东京，只不过她对此始终无法全然接受。随着毕业的日子一天天临近，伊纯依旧故步自封。毕业式当天，伊纯独自漫步海边，在那里她捡到了晶莹剔透的海蓝色晶体碎片。借着碎片的力量，伊纯来到了一个从未见过的神奇世界，并且邂逅了日冈苍（井泽诗织 配音）、友立小夏（种崎敦美 配音）和大道朝日（小泽亚李 配音）等三个同龄女孩。与此同时，神奇的Popin族生物出现，它们通过跳舞产生能源，并且驱动全世界的时间正常流动。可是最近一段时间Popin族所在的世界和人类世界都出现崩溃的危机。为了免除危机，被时间碎片带到这里的女孩们必须齐心协力跳一支舞。危难关头，为Popin族担任舞蹈教师的都久井沙纪（黑泽朋世 配音）登场，以严厉的方式直到伊纯她们挑起了拯救世界的舞蹈……本片为东映电影公司创立60周年纪念作品。