1897年，宾夕法尼亚州有一座名为考明顿的小村庄。这里风光秀美，景色宜人，村民间更是团结友爱，和善为亲，过着平静自在的生活。然而，考明顿村民的心中却有着一个挥之不去的梦魇。传说在村子周围的丛林中隐藏着残忍而恐怖的怪物，它们和村民间似乎有着一道不可僭越的约定，双方守在各自的领地，秋毫无犯。但是近一段时间种种迹象表明，盘踞在森林中的怪物正试图践足人类的领地。人们对此无计可施，只能用古老的办法——在树干漆上黄色——来阻退怪物。

　　本（科林·费斯ColinFirth饰）和妻子艾丽莎（娜奥米·哈里斯NaomieHarris饰）遭遇了一场可怕的车祸，本身受重伤，而艾丽莎则不幸命丧黄泉。从昏迷中醒来的本得知了妻子的死讯，陷入了绝望之中。康复后的本尝试着回归正常的生活，身体上的伤总会随着时间的流逝渐渐痊愈，但心灵的伤痛呢？

莎拉（凯瑟琳·莫瑞斯 Kathryn Morris 饰）、妮可（帕翠西娅·维拉奎兹 Patricia Velasquez 饰）、卢卡斯（约翰尼·李·米勒 Jonny Lee Miller 饰）等七名FBI成员在资深教官杰克·哈里斯（方·基默 Val Kilmer 饰）的 带领下，来到离加州不远的弗涅戈小岛，他们将在岛上的虚拟小镇中进行演练，通过推理来找出绰号为“木偶师”的连环杀手。这群探员业务精湛，自命不凡，与世隔绝的小岛之行对他们来说更像一个无聊难耐的假期。但是，他们的狂妄并未持续太久。原本看似平常的推理演习，竟然开始出现死者，所有的逃生之路被切断，众人完全孤立在小岛之上。演习随即演变成一场精心策划的杀戮游戏……

雷尼（约翰尼·德普 Johnny Depp 饰）的妻子出了轨，他发现她和另一个男人躺在床上，他提出了离婚。然而，婚姻的阴影并没能使雷尼恢复原气。他的文笔开始暗淡无光，找不到从前的创作激情。于是，他来到了一个湖畔小屋疗伤创作。然而这个小屋，却给他带来了新的麻烦。首先是一个陌生人的造访令他十分恼火。那人声称雷尼抄袭了他的作品，雷尼百般解释也不能让他信服。于是雷尼翻箱倒柜，想找出原稿，却发现原稿离奇失踪。惊悚事件陆续有来，整个小屋，好像出于某种危险的情势中，雷尼非常害怕，然而却查不出缘由。是不是前妻和她的情人在作怪？他们到底有何目的？然而，真相却让雷尼自己都不敢相信。

　　2002年7月19日，年轻男子西蒙·凯布尔（瑞恩·菲利普 Ryan Phillippe 饰）从昏迷中醒来。他在前一晚因胃痉挛被送入医院，结果却发现自己对过去两年里发生的事情全无印象，而记忆仍停留在2000年。在此期间，美丽温柔的克莱尔（莎拉·波利 Sarah Polley 饰）和自称妻子却非常冷漠的安娜（佩帕·佩拉多 Piper Perabo 饰）前来探望西蒙，两个女人的言谈举止和对过往的描述令他倍感不安。西蒙认为自己正陷入一场阴谋之中，似乎有人正加害于他。他坚持要做一次全身检查。然而当他再次醒来时，却发现自己回到了2000年的7月3日，这次颇为诡异的时空跳跃也让西蒙切实回想起这两年间所发生的一切…

一次飞机失事令泰莉•派瑞塔(朱莉安•摩尔饰)失去了年仅8岁的儿子，对儿子的牵心挂念严重摧毁了她的健康，与丈夫的日渐疏远也令婚姻趋于解体边缘。而最离奇的是家中关于儿子曾经存在过的证明——合影、生活用品——逐渐消失，泰利向精神医生姆恩斯(加里•辛尼斯饰)求助，得到的答案犹如晴天霹雳——她的儿子从来没有存在过，一切都不过是她的幻想！泰利接受不了这个事实，遇见同样失去女儿也同样被告知这一切是幻觉的艾什(多米尼克•韦斯特饰)，更坚定了她的信念——有人刻意地操纵了这一切。为人父母，他们决定揭开迷雾，寻回消失的一切。母爱是伟大的，在于十月怀胎三年哺乳，更在于她坚信这个世界上，存在着她的骨血。无论是谁，都不能将他们拆散。

故事紧接着上一部继续发展。中情局发现手下的一名特工叛变，还带走了一份关乎到国家秘密的重要图纸，这名特工逃往了伦敦，准备将这份图纸献给野心勃勃的邪恶势力。如此危机的情况之下，中情局再度找到了科迪（弗朗基·穆尼兹 Frankie Muniz 饰），要求他在事态发展到无法挽回的局面之前夺回图纸。就这样，科迪来到了伦敦，进入了一所音乐学院就读以隐藏自己的真实身份，与此同时，科迪还必须不断精进小提琴的技艺，以应付学校中繁杂的试验。聪明的科迪一遍小心翼翼不露出马脚，一遍亦步亦趋的追踪着图纸的下落，殊不知，自己已经被卷入了一个复杂而又危险的阴谋之中。

一位神秘人物的出现让小镇上的居民终日生活在恐惧之中，他利用一架邪恶的机器制造出了许多可怕的怪物，将它们放到镇上为非作歹。这时，就轮到“秘密公司”的诸位出马了，可摩拳擦掌跃跃欲试的沙吉（马修·里沃德 Matthew Lillard 饰）和搭档史酷比（Neil Fanning 配音）却被告知留守公司，不必参加行动。